Este avut în vedere un sprijin particular pentru pregătirea şi implementarea planurilor de management. Aceasta include secţiuni privind delimitarea în spaţiu, inventariere (caracteristici naturale şi informaţii socio-economice), instrumente de planificare şi management, inclusiv definirea unităţilor de mediu şi evaluarea lor, zonare propusă (rezervaţie, priorităţi pentru conservare, utilizare restrânsă şi utilizare
generală), obiective de management şi ghiduri. Prin acestea din urmă se asigură legislaţia relevantă, activităţile umane compatibile cu măsurile de conservare şi de îmbunătăţire a habitatelor. În strânsă legătură cu obiectivul general de conservare a naturii, este prevăzut, de asemenea, sprijin pentru întărirea capacităţii instituţionale a Agenţiei Naţionale pentru Arii Naturale Protejate şi Conservarea Biodiversităţii.
Această axă prioritară va contribui la conformarea cu Directivele Păsări şi Habitate, în strânsă legătură cu înfiinţarea reţelei Natura 2000.
Acţiunile vor fi coordonate între POS Mediu şi Programului Naţional de Dezvoltare Rurală 
, precum cu Programul Operaţional pentru Pescuit, în strânsă legătură cu Reţeaua Natura 2000, prin asigurarea plăţilor compensatorii, în conformitate cu Regulamentul 1698/2005 referitor la activităţile care conduc la conservarea mediului.
O Asistenţă Tehnică PHARE este disponibilă pentru pregătirea unui portofoliu de proiecte care să fie finanţate prin FEDR în cadrul acestei axe prioritare. Aceste proiecte vor fi dezvoltate în cadru partenerial larg, implicând toţi factorii relevanţi, în special ONG-urile. Procesul de consultare va fi coordonat de OI-uri, respectiv de Agenţiile Regionale pentru Protecţia Mediului.
De asemenea, în timpul pregătirii planurilor de management pentru ariile protejate, pentru a maximiza beneficiile planurilor de management, va fi luată în considerare recomandarea evaluatorului SEA de a implica în dezbaterea publică toţi factorii relevanţi care desfăşoară activităţi (cum ar fi proprietarii din ariile protejate sau factorii relevanţi din vecinătatea ariilor protejate). Suplimentar, sunt avute în vedere instruiri pentru factorii relevanţi şi campanii de conştientizare a publicului pentru fiecare proiect de biodiversitate.
Întrucât ONG-urile de mediu pot juca un rol foarte important în asigurarea managementului în cadrul ariilor protejate, inclusiv siturile Natura 2000, POS Mediu va încuraja implicarea acestora ca potenţiali beneficiari ai operaţiunilor finanţate prin această Axă Prioritară.
Administratorii sau custozii ariilor protejate, Agenţia Naţională pentru Ariile Protejate şi Conservarea Biodiversităţii - ANAPCB, Adminsitraţia Rezervaţiei Biosferei „Delta Dunării” administraţiile publice, ONG-urile, institute de cercetare, universităţi, muzee pot fi potenţiali beneficiari ai acestei axe prioritare. Pentru acele arii protejate fără administrator, responsabilităţile privind managementul aparţin ANAPCB sau ALPM.
Selecţia proiectelor în cadrul acestei axe prioritare va fi realizată pe bază de competiţie, în urma unei cereri de propuneri.
Domeniu major de intervenţie
Operaţiunile din cadrul acestui domeniu major de intervenţie va finanţa următoarele activităţi indicative:
- Asistenţă pentru pregătirea de planuri de management, studii ştiinţifice, inventariere, cartografiere;
- Instruire şi întărirea capacităţii instituţionale a organismelor de management ale siturilor Natura 2000 şi ale ariilor protejate;
- Proiecte de restaurare ecologică a habitatelor şi speciilor;
- Construirea şi îmbunătăţirea infrastructurii ariilor protejate naţionale şi a siturilor Natura 2000 (construirea de centre de informare şi panouri de informare, managementul riscului – prevenirea şi controlul incendiilor, etc);
- Sprijinirea biodiversităţii: reducerea impactului infrastructurii asupra speciilor afectate de fragmentarea peisajului (realizarea de măsuri concepute pentru a depăşi barierele pe râuri şi autostrăzi);
- Stabilirea de sisteme de monitorizare pentru siturile Natura 2000 şi ariile protejate inclusiv infrastructura şi echipamentul pentru monitorizarea stadiului de conservare a habitatelor naturale şi a speciilor de floră şi faună.
- Pregătirea materialelor de informare şi publicitate şi de conştientizare pentru ariile protejate şi siturile Natura 2000;
- Achiziţionarea de teren cu o valoare semnificativă din punct de vedere al biodiversităţii cu scopul ca acesta să devină proprietate publică a statului;
Finanţarea încrucişată (aşa cum este definită de art. 34 (2) al Regulamentului Consiliului Nr. 1083/2006 poate fi utilizată în cadrul acestei axe dacă este necesar.
- Axa 1: Extinderea şi modernizarea sistemelor de apă şi apă uzată
- Axa 4: Implementarea Sistemelor Adecvate de Management pentru Protecţia Naturii
- Axa 5: Implementarea infrastructurii adecvate de prevenire a riscurilor naturale în zonele cele mai expuse la risc
- Axa 6: Asistenta Tehnica
• asigurarea managementului eficient al ariilor protejate, inclusiv Natura 2000
Această prioritate va fi finanţată din Fondul European pentru Dezvoltare Regională.
Strategie
Ţinând cont de fapul că desemnarea ariilor protejate din România (inclusiv Natura 2000) este aproape de finalizare, atenţia este acum îndreptată spre managementul activ al ariilor desemnate, cu accent pe dezvoltarea strategică pe termen lung.
Scopul acestei axe prioritare este de a sprijini conservarea biodiversităţii şi a naturii